Český svaz MMA je řízen demokraticky volenými orgány, které společně zajišťují jeho činnost, rozvoj a transparentní fungování:

• Valná hromada – nejvyšší orgán svazu, kde členové rozhodují o zásadních otázkách a volí vedení.

• Výkonný výbor – řídí každodenní činnost svazu a zajišťuje plnění rozhodnutí valné hromady.

• Předseda – statutární zástupce, který reprezentuje svaz navenek doma i v zahraničí.

• Kontrolní a revizní komise – nezávislý kontrolní orgán dohlížející na hospodaření a dodržování stanov.

• Odborné komise – komise státní reprezentace, komise talentované mládeže, trenérsko metodická komise a komise rozhodčích.